Поиск подозрительных файлов на сервере поможет обнаружить и отсортировать по дате изменения файлы, которые содержат небезопасный код. Это может быть вебшелы, бэкдоры, скрипты рассылки спама, продажи ссылок и т.п.
За основу взят Поиск троянов, важной особенностью является возможность регулярной проверки сайта, постановки задачи на cron.